Ông Nguyễn Tấn Dũng (nguyên là Nguyên Thủ tướng Chính phủ) làm Trưởng ban Ban Chỉ đạo thi hành án phần tài sản vụ án Minh Phụng - Epco, thành lập theo Quyết định số 56/QĐ-TTg ngày 15/1/2002.

Vụ án đặc biệt về giá trị tài sản phải thi hành án, theo đó các bị cáo và các doanh nghiệp thuộc 2 nhóm Epco và Minh Phụng phải bồi thường và thanh toán các khoản nợ cho 6 Ngân hàng Thương mại, Ngân hàng Công thương Việt Nam (Incombank, nay là Vietinbank), Ngoại thương Việt Nam (Vietcombank), Ngân hàng Thương mại cổ phần xuất nhập khẩu Việt Nam (Eximbank), Sài Gòn Công thương Ngân hàng(Saigonbank); Ngân hàng Thương mại cổ phần Đại Nam (PVcombank); Ngân hàng Thương mại cổ phần Gia Định (Giadinhbank), tổng số tiền gần 6.000 tỷ đồng và 32,6 triệu USD.

Bên cạnh đó, số tài sản phải xử lý để bảo đảm thi hành án gồm trên 390 danh mục gồm 476 đơn vị tài sản là nhà xưởng, dây chuyền sản xuất, máy móc, kho tàng, văn phòng, biệt thự v.v… khối tài sản này Toà án xác định tại thời điểm xét xử trị giá trên 2.232 tỷ đồng.

Dù bị coi là rất nóng vội, phiêu lưu nhưng không thể phủ nhận tầm nhìn khá xa, định hướng mang tính chiến lược của Minh Phụng khi đầu tư vào bất động sản tại các khu vực trên. Thực tế khi xử lý tài sản thế chấp sau này cho thấy, các danh mục tài sản thế chấp là nhà xưởng, kho tàng tại các khu công nghiệp đều có giá khá cao, với thời gian thuê khoảng 40-50 năm, chỉ tính riêng tiền khai thác có ngân hàng đã thu được hàng trăm tỷ đồng.

Đối với tài sản là biệt thự, văn phòng, nhà xưởng tại khu vực TP Hồ Chí Minh, phần lớn giá bán thực tế đều cao hơn rất nhiều so với giá Tòa án định khi xét xử. Riêng đối với các lô đất mà Minh Phụng đã lập các dự án tại khu vực Thủ Đức trước đây (nay thuộc quận 2), theo quy hoạch của TP Hồ Chí Minh, hầu hết số này nằm ở các vị trí rất đắc địa, lợi nhuận chắc chắn sẽ rất lớn. Do vậy, có ngân hàng được Tòa án giao cho một số lô đất tại khu vực quận 2, TP Hồ Chí Minh, chưa cần phải triển khai xây dựng dự án, cũng không cần đầu tư hạ tầng, qua phiên đấu giá một lô thôi đã thu đủ toàn bộ số nợ trên 15 triệu USD, ngoài ra đơn vị này còn dư ra được số tiền và tài sản trị giá cả chục triệu USD.